Император Карл V (он же король испанский) достиг своей цели, и испанцы не переставали с тех пор оспаривать у Португалии права на владение если не всеми, то некоторыми из островов Молуккской группы; испанские торговые суда не переставали конкурировать с португальскими в вывозе драгоценных пряностей, а также драгоценных красящих веществ и дорогого пальмового дерева из этого далекого архипелага, так исключительно щедро одаренного природой.
Но несравненно важнее была другая сторона дела. Впервые географическая наука стала обретать сколько-нибудь прочное основание для дальнейшего развития. Впервые догадки и гипотезы античных мыслителей и некоторых смелых ученых, признававших шарообразность земли уже в XIV в., вдохновившие в свое время Колумба, превратились в полнейшую уверенность, в научно доказанный факт; после Магеллана продолжать считать землю плоскостью можно было, лишь умышленно одурманивая свой мозг религиозными суевериями и детскими сказками. Была неопровержимо доказана не только шарообразность земли, но и ее конечность, полная ее обособленность в пространстве, были созданы нужные психологические предпосылки к великому открытию Коперника, последовавшему через 20 лет после путешествия Магеллана.  С точки зрения дальнейших открытий и расширения географических познаний путешествие Магеллана сыграло роль как бы огромной общего характера разведки, давшей пока еще только приблизительные, но уже не совсем гадательные понятия о величине Земли, о пространственных соотношениях между сушей и морем, в частности о колоссальном океане, отделяющем Америку от Азии.
В 1934 г. появилось основанное на всех известных к этому времени источниках специальное исследование о маршруте, которого держался Магеллан с того момента, когда он вышел в Тихий океан, и вплоть до того момента, когда он подошел к Филиппинским островам. Обнаруживается, что Магеллан, а после его смерти и его спутники, продолжавшие и окончившие путешествие, умышленно лгали и путали земли в корабельном журнале и давали умышленно неправильные объяснения. Один из спутников Магеллана, некий Бустамента, уже на смертном одре покаялся в обмане и уточнил, в чем заключалось лично ему известное извращение истины: восточный берег Патагонии был показан умышленно ближе к берегам Европы, чем он на самом деле находится. И эта ложь, и другие неверные показания в том же роде мотивируются желанием Магеллана, его спутников и покровительствующего этой экспедиции Карла V доказать, что Молуккские и Филиппинские острова находятся «еще» в Западном полушарии (т. е. в испанской сфере по Тордесильясскому договору), а не «уже» в Восточном полушарии (т. е. не в португальской сфере).
Эта любопытная история, окончательно выясненная исследованием специалиста по изучению старинных путешествий, не является полной неожиданностью. Португальцы с XVI в. и вплоть до позднейших времен подозревали обман со стороны знаменитого мореплавателя и его испанского экипажа. Магеллан еще перед своим путешествием убеждал дона Фонсеку, председателя Королевского совета по управлению Индией (т. е. американскими владениями), что Молуккские острова находятся совсем недалеко от Панамы и значит — в испанской сфере влияния. Когда знаменитый мореплаватель увидел уже в пути, что Молуккские острова находятся на необъятном расстоянии от Америки и, таким образом, лежат не в Западном, а в Восточном полушарии и что очевидные факты противоречат его теории, то он, предвосхищая приписываемый Гегелю афоризм, решил, что «тем хуже для фактов», и принялся их умышленно извращать. В данном случае в игре были не интересы чистой науки, а несравненно более осязательные экономические интересы, связанные с вопросом об обладании Молуккскими и Филиппинскими островами. Испанское правительство поспешило, конечно, уверовать в правильность и доказанность теории Магеллана и на собрании португальских и испанских уполномоченных, заседавших в Бадахосе в 1524 г., объявило и поддержало свои права на Молуккские и Филиппинские португальские острова. Спорить против аргументации Карла V, могущественного государя тогдашней Европы, португальцы не решались. Впоследствии Испания продала свои права на Молуккские острова португальцам, которые до Магеллана торговали и имели на этих островах свои стоянки и конторы.
Филиппинские острова так и остались за Испанией вплоть до 1898 г., когда они силой оружия были захвачены Соединенными Штатами Америки.