В 1591 г. была снаряжена разведывательная морская экспедиция. Вернувшись из нее в 1594 г., Джон Ланкастер, один из начальников экспедиции, удостоверил купцов в том, что есть полная возможность начать самостоятельную торговлю с Индией и южноазиатскими островами, не считаясь с португальскими претензиями на монополию. Вмешалось правительство Елизаветы, и некоторые из ее приближенных финансировали и отправили новую разведывательную экспедицию (в 1596 г.), но она была в далеких морях  атакована  испанцами,  захвачена,  и  весь  экипаж  перерезан победителями. На один момент эта неудача как бы приостановила англичан. Они тогда еще рассчитывали воспользоваться успехами голландцев, которые как раз в эти годы тоже начали делать — и гораздо энергичнее и успешнее, чем англичане, — попытки сломить испано-португальскую монополию. С 1595 г. голландские корабли, как мы говорили, стали появляться в индийских водах и дальше, у Молуккских островов, и первые индийские товары, привезенные не на португальских, а на голландских судах, появились на рынках Северной Европы. Но очень скоро обнаружилось, что голландцы начали борьбу против испано-португальской монополии вовсе не затем, чтобы покончить с монопольным принципом вообще, а чтобы захватить эту монополию в собственные руки. Мало того, зная, что англичанам решительно неоткуда доставлять пряности, голландцы стали удваивать и утраивать цены на них. Например, перец, привозимый из Индии и Молуккских островов, стоил в конце XVI в. при покупке его в португальских складах около 3 шиллингов за фунт (считая английской монетой), а голландцы стали требовать сначала 6 шиллингов, а когда же они увидели, что это им сошло с рук благополучно, — 8 шиллингов. И снова английские купцы и мореходы обратились к плану завести непосредственную торговлю с  Индией,  Китаем  и  островами  «Южного  моря».
Англичане неоднократно пытались перехватить у голландцев «острова пряностей», но успеха не имели. Характерно, что эти схватки происходили на другой день после того, как голландцы и англичане совместно выступали под знаменем религиозного освобождения протестантов из-под ига католиков. Теперь убежденные протестанты стали биться из-за перца. Этот факт лишний раз показывает, какие сказки слагала буржуазная историография, утверждая, что религия была основной причиной войны Нидерландов против Испании.
Начиная с 1613 г. на индонезийских островах голландцы повели против англичан упорную и систематическую борьбу. Они настраивали против них малайское население, открыто организуя нападения на них. Они старались вовсе выжить англичан с острова Ява и в особенности с богатейших Молуккских островов, где англичане рассчитывали поживиться наравне с голландцами испано-португальским наследством и где им местами удавалось обосноваться.
Англичане облюбовали в те годы Амбоину, остров, точнее маленькую островную группу, на западе Молуккского архипелага. На главном острове Амбоинской группы (он лежит под 4° южной широты) образовалась небольшая английская фактория, или, как она там называлась, агентство, где проживали более или менее постоянно 18—20 купцов и их приказчиков; личный состав менялся, купцы то приезжали, то уезжали в Англию с товаром. Часть их жила не на самом Амбоине, а на других островах этой группы. Голландцы еще с первых лет XVII столетий, едва они проникли на Молуккские острова, обследовали остров Амбоина, нашли его чрезвычайно богатым и, вытеснив португальцев, оставили там гарнизон в 200 солдат. К этому маленькому отряду они прибавили еще несколько сот взятых ими на службу вооруженных малайцев и японцев (которые еще до европейцев появились на Молуккских островах). Голландские купцы, гораздо более многочисленные и богатые, чем английские, давно уже домогались от генерал-губернатора голландских владений в Индонезии, чтобы он приказал своему подчиненному губернатору Амбоины Герману Ван Спельту как-нибудь прекратить английскую конкуренцию. Ван Спельт некоторое время колебался, но, наконец, решился. В феврале 1623 г. он велел арестовать и подвергнуть допросу под пыткой одного японца, служившего у него в гарнизоне. Та же участь постигла еще несколько человек (малайцев). Под страшными пытками у них вынудили признание, будто англичане их подговаривали перебить голландцев. Ван Спельт приказал арестовать всех англичан и подвергнуть их самым ужасающим мукам. Затем 10 англичан были публично казнены, а остальные 8 брошены в тюрьмы, где почти все погибли от истязаний. Казнь   англичан    на   острове    Амбоина   произошла   27   февраля
1623  г., а в Англии узнали об этом через год с лишним, весной
1624  г. Возмущение в народе было такое, что в Лондоне чуть не произошел погром голландцев, проживающих в английской столице. Король Яков I попробовал протестовать перед голландским правительством, а сын и преемник его Карл I, вступивший на престол в 1625 г., даже арестовал голландские корабли, бывшие в английских портах. Но ничего из этого не вышло. Да и не до того было тогда Стюартам, чтобы начинать войну с могущественной Голландией. После этого избиения англичан на о. Амбоина почти все английские купцы в панике покинули Молуккские острова. Часть их пробовала потом торговать с Явой, Цейлоном, Целебесом, Суматрой, полагаясь на то, что поближе к генерал-губернаторской резиденции (в городе Батавия на Яве) будет безопаснее, чем на архипелагах, подчиненных произволу таких сатрапов, как Ван Спельт, но в этом они ошиблись: ведь Ван Спельт действовал, точно исполняя инструкцию генерал-губернатора, хотя и переусердствовал в способах ее осуществления. Амбоин-ское кровавое дело, за которое никто решительно не был привлечен к ответственности, показало твердую решимость голландцев захватить острова Индонезии в монопольное обладание, точнее, монополизировать торговлю с Индонезией в своих руках. Англичане вскоре после 1623 г. исчезли с Молуккских островов, а затем и с Явы, Тайваня и Целебеса.