23 июня 1596 г. на остров Ява в туземный город Бантам прибыл первый голландский корабль. Это была первая разведка голландского купеческого капитала в далеких южных морях. Уже 20 марта 1602 г. в Голландии образовалась Всеобщая голландская объединенная Ост-Индская компания, которая первой же своей задачей поставила наладить непосредственную торговлю с островами Индонезии, выгнав оттуда португальцев. К этому времени в Голландии уже настолько хорошо знали относительную ценность островов, что на следующий год после образования голландской Ост-Индской компании суда компании появились именно на Молуккских островах, т. е. в самой далекой, но вместе с тем и самой богатой островной группе Индонезийского архипелага. К этому времени португальско-испанские раздоры относительно того, кому торговать с Молуккскими островами, кончились вследствие соединения Португалии и Испании под общей испанской властью. Но жители Молуккских островов, где испанский гнет значительно усилился со времени окончания испано-португальских разногласий, настолько ненавидели и испанцев, и португальцев, что приход голландских судов приветствовался ими с радостью. Ведь на Молуккских островах и португальцы, став испанскими подданными,  повели себя  не так,  как  на  других островах:   имея
испанскую поддержку, они прочно устроились на берегах и бесцеремонно грабили прибрежных жителей.
Голландцы при деятельной поддержке местного населения начали вооруженную борьбу против испанцев и португальцев и стали последовательно вытеснять их с этих островов. Первые же годы торговли с Молуккскими островами и отчасти с Суматрой и Целебесом принесли такие колоссальные барыши, что Голландская Ост-Индская компания решила, не останавливаясь перед расходами, повести систематическую борьбу против своих европейских предшественников по колониальному разбою и, уничтожив португальско-испанскую монополию, заменить ее монополией голландской. Для этого был создан торговый и военно-политический центр голландского влияния на островах Индийского океана. Он находился не на Молуккских островах, хоть и самых богатых, не уж очень отдаленных, а на Индонезийском архипелаге, на острове Ява.
В 1602 г. была организована Ост-Индская голландская компания, в 1609 г. была учреждена должность генерал-губернатора факторий и торговых станций Ост-Индской компании, а уже спустя 10 лет голландцам удалось начать систематический захват княжества Джакарта со столицей того же имени. Разгромив ее, голландцы основали на ее развалинах город Батавию — центр и опорный пункт голландских колонизаторов.
Голландский торговый капитал был могуч, голландская промышленность так быстро развивалась и в свою очередь получила такое снабжение нужным ей сырьем богатейших островов Индонезии, что голландское экономическое, а потому и политическое преобладание очень быстро упрочилось на Яве и на Молуккских островах. Голландцы вступили в ряд торгово-политических договоров с местными царьками, завели в Батавии сильный гарнизон и, укрепив самый город и бухту, могли предпринимать экспедиции и отдельные войны и походы, когда это, по их мнению, требовалось. В 1624 г. голландцы захватили часть китайского острова Тайвань, изгнав оттуда португальцев и завладев их факторией. Затем один за другим последовали два новых блестящих успеха Ост-Индской компании, у которой к тому времени были свое постоянное войско .и сильный флот. В 1641 г. голландцы изгнали португальцев с полуострова Малакка, а в 1658 г. им удалось овладеть португальской укрепленной торговой факторией на Цей-лоне и вместе с тем всей цейлонской торговлей. Это не значит, что голландцы «овладели» всем Цейлоном или всем Малаккским полуостровом, но устроились они прочнее и надежнее португальцев. Ост-Индская компания основывала торговые поселки (фактории), укрепляла их, вела из этих факторий обширнейшую торговлю с местным населением, которое, за вычетом кое-каких прибрежных местностей, оставалось при своей старой политической организации. Постепенно, с конца XVI в., голландская торговая супрематия стала перерастать в политическое владычество над всей территорией и всем населением индонезийских островов.
В самой Индии на западном Малабарском берегу у голландцев были четыре торговые фактории, на восточном Коромандельском — три, на острове Цейлон — шесть, на северо-восточном берегу Индии в Бенгалии — пять, и по одной-две — на важнейших островах.